输送物资主要依靠码头和船只系统在城市间进行流转，这是游戏资源调配的核心环节。要启动运输流程，首先必须修复或解锁码头的功能，并确保拥有可用的运输船只；之后打开大地图界面，定位到需要运送物资的目标城市，点击上方显示的空闲船只图标，在弹出的目的地选择窗口中指定城市，进入运输队配置界面后选取物资种类并设定数量，点击出发按钮即可；运输完成后，切换到目的地城市，在其码头位置点击完成选项即可成功接收物资。
优化运输效率需遵循人货分离和运量控制的原则，运输时只装载物资而不添加居民角色，因为额外搭载人员会显著延长运输时间。同时采用少量多次的运输策略，单次运量不宜过大以避免耗时过长和仓库爆满问题，通常控制在六至八小时内完成较为适宜，同时根据后续建设需求预判资源类型进行针对性调配。
运输时间管理对资源流转至关重要，船只运输时长与物资数量呈正相关，目前无法直接缩短运输时间，因此需要结合实际进度合理安排时段，例如在夜间启动运输以便白天收货，从而提升整体资源利用效率。此外可考虑增加船只数量以同步进行多点运输，例如开启三条航线同时运作来提升物资周转速度。
游戏中的漕运系统提供了更复杂的物资输送机制，例如扬州府地区需通过司南获取通航步数来驱动漕船航行，司南可通过每日任务获取且有使用上限，航行距离取决于步数消耗且可能遇到随机事件影响。特殊运输渠道如盐商机制可提供更高效的物流选择，其运输速度通常高于普通船运，但需要妥善管理盐引和相关生产资源以避免运作中断。
跨区域运输还需注意不同城市的仓库容量限制和资源特性，例如松江府需结合盐场运作，而徽州府等地则可通过垄断策略实现资源集中调配，但需提前储备充足物资并协调生产补充机制。
