司马懿作为最终战的核心BOSS，主要出现在五丈原和洛阳两处关键战场。首次遭遇是在五丈原，玩家需破解其落雷计才能推进剧情；最终决战则在洛阳宫殿，需连续击败司马懿及其部属司马昭、司马师。他的出现与主线剧情紧密绑定，玩家无法提前招募或规避战斗，但可通过特定任务和策略降低挑战难度。
五丈原之战是解锁司马懿的关键节点。初次交锋时，司马懿会使用落雷计将玩家强制传送至黄石公住处，需完成取茶叶、打水、拿茶具的连环任务。黄石公最终会传授破解口诀上上下下左右上下，在司马懿施放落雷计的瞬间输入该指令即可破除阵法。此环节需提前存档，因输入时机要求精确，失败需重新触发战斗。
洛阳的终局之战对队伍配置有较高要求。司马懿拥有高智力与防御属性，技能包括心计（混乱）、暗算（单体高伤）、反间（降低攻防）和毒计（群体持续伤害）。建议采用八卦阵分散站位，前排部署关羽、陆逊等抗压型武将，后排配备姜维或孔明进行控场与输出。战斗中需优先使用离间计限制其行动，并随时用智复丹解除己方混乱状态。
天水城隐藏的藤甲、鲁城的黑龙枪、陈仓的雷神盾等可大幅提升生存能力。连弩作为无属性全体攻击道具，对司马懿效果显著，建议交由高智力武将使用。若战斗中出现司马懿召唤司马昭、司马师的情况，需集中火力优先解决副将，避免被多重技能压制。
