开启千门虚舟副本需要先完成前置任务神樱大祓的荒海部分内容。该秘境位于稻妻地区的荒海地下区域，入口被空气墙阻挡，必须通过特定机关解谜才能解除封锁。首先传送到恒常机关阵列附近的锚点，从房间右侧的藤蔓攀爬至上层平台，沿路径前进会遇见第一个方块迷阵解密关卡，需按照特定顺序踩踏发光地板才能激活机关。
完成首个解密后继续前进会遇到第二个方块迷阵，需先踩亮外围地板再处理内圈，最终踩踏中央发光格。两个机关全部激活后，秘境入口的巨石会炸裂，千门虚舟大门将显现。若发现空气墙未消失，需返回荒海区域完成雷立方机关解谜：击打五个雷立方使其显示相同图案，使水位下降并解除封锁状态。
进入秘境通道后会面临连续两道一笔画机关挑战。第一关需从起点不间断行走至终点，路径不可重复；第二关需先绕行外围再转入内圈。两道机关破解后将正式开启秘境入口，同时获得包含雷之印和圣遗物的珍贵宝箱。整个过程无需战斗，但需确保携带雷元素角色以激活部分方碑。
该副本开启流程涉及多层空间转换，建议在荒海地下区域优先解锁所有锚点以便快速传送。解密过程中若操作失误，可通过退出游戏重进重置机关初始状态。秘境开启后可作为常驻挑战副本反复进入，其内部结构采用日式屏风迷宫设计，通关后能获得用于角色突破的特殊材料。
