副本系统是游戏核心玩法之一，主要分为主线副本、特殊副本和活动副本三大类。主线副本是推进剧情和获取基础资源的主要途径，入口位于主界面右下角的红色图标，点击后即可进入章节地图。特殊副本如再上昆仑时空外传等则分散在挑战或活动板块，需满足特定条件解锁。
主线副本采用线性章节设计，每章包含多个关卡，首次通关后可解锁扫荡功能。挑战时需注意关卡推荐战力，若未达标可通过强化武将、升级装备提升实力。特殊副本如再上昆仑注重策略性，需根据BOSS特性调整阵容，优先攻击弱点部位。部分副本如遗迹寻踪存在隐藏机制，需按特定顺序触发机关或保留部分敌方单位才能通关。
组队副本需通过军团或好友系统组建队伍，建议在双倍奖励时段参与以获得最大收益。阵容搭配上，主线副本可侧重群攻武将快速清怪，而高难度副本需平衡输出、治疗与控制。时空类副本如八卦奇阵需利用地形和时空之力增益，优先选择恢复类或输出强化效果以应对连续战斗。资源规划方面，日常副本次数建议优先用于扫荡装备突破材料或武将碎片。
