神奇动物的抓捕需要满足特定条件才能触发出现。暗黑野牛需要骑乘同一只野牛连续行进800米不换乘，这种长距离骑乘考验玩家的操作稳定性。特洛伊斑马则要求玩家在草原地图连续换乘7种不同动物，需要灵活切换骑乘目标并保持节奏。油炸狮的抓捕条件更为特殊，需用同一只狮子连续吞食30只其他动物，过程中需注意避免碰撞障碍物导致中断。
部分神奇动物的出现与时间设定相关，例如雄鸡鳄在清晨时段的刷新概率会显著提升。玩家可通过调整设备本地时间来提高遭遇概率，但需注意游戏内任务池的刷新机制可能影响实际效果。鸭嘴河马有两种触发方式：骑乘单只河马前进1600米以上，或在不换乘情况下用河马撞击4只同类，后者对操作精度要求较高。三嘴鸟需要在骑乘大嘴鸟时完成90-100米的精准跳跃换乘，需掌握动物暴走状态的起跳时机。
极地和侏罗纪等特殊地图的神奇动物往往需要复合条件。仙女企鹅需在极地连续换乘8种不同动物，包含7种极地物种和1种外来动物。潜水雷龙要求玩家单局内连续骑乘8种不同动物随机出现，而健身霸王龙则需要先收集五个恐龙蛋作为前置条件。这些设计使得玩家需要综合运用地图探索、动物驯服和任务完成等多重技巧。
BOSS类神奇动物的抓捕通常与任务系统深度绑定。每完成35个普通任务会触发一次BOSS任务，鸵鸟老板、骷髅象等均通过该机制出现。蒸汽朋克需要骑乘耗牛撞飞10个动物且中途复活不会清零计数，纯黑鹿则要求在山脉以外的地图连续换乘8种不同动物。这类动物往往具有改变动物园经营效果的独特能力，如提升游客吸引力或解锁特殊成就。
栖息地等级对神奇动物的抓捕概率存在隐性影响。当澳洲栖息地升至满级后，闪电羊、绵羊主妇等稀有品种的刷新阈值会从500米提升至3000米以上。同理，斑马栖息地达到9级时，闪亮马的随机出现概率将显著提高。而像机械狐狸这类需要骑乘1500米不换乘的动物，建议选择障碍较少的极地冰原地图实施抓捕。部分动物如罗宾汉鹰需要从特定地形边缘起跳，这要求玩家熟悉各地图的立体结构特征。
